高雄水情吃緊，高屏溪取水量銳減一半，部分民生用水來自畜牧業汙染嚴重的屏東東港溪，也引發議論。自來水公司表示，枯旱時期缺水不得不用，東港溪水占比低，且經兩道淨化處理，符合飲用水水質標準。屏東縣環保局表示，東港溪已從嚴重汙染降為中度汙染。

大高雄民生用水主要取自高屏溪攔河堰，工業用水引東港溪水注入鳳山水庫待用，因東港溪遭畜牧業汙染嚴重，環團質疑引東港溪「屎尿水」支援民生用水不妥。

地球公民基金會董事長兼執行長李根政說，東港溪受養豬廢水影響，成中、重度汙染水域，過去每天約引30萬噸進鳳山水庫作工業用水，水公司在鳳山水庫建置生物處理流程，乾旱時期每天供應5萬噸當高雄民生用水，雖是乾旱期不得不為的作法，與其花大錢做淨水處理，何不根本改善養豬廢水，讓東港溪水源符合民生用水標準。

高雄市長陳其邁表示，經市府等單位持續監測，水質在正常範圍。台水第七區處回應，鳳山水庫原水前處理場斥資4.28億元建造，以工研院研發的BioNET生物擔體，經由前處理降低氨氮濃度改善水質後，再經鳳山水庫淨水場處理，檢驗符合民生飲用標準，市民可安心。

屏東縣環保局長顏幸苑說，為改善東港溪畜牧汙染，除強化平日查核，2019年5月推動「夜鷹早鳥稽查」、「稽查無假期」計畫，水質從嚴重汙染降到中度汙染，是環保署列管重點7條河川中，去年唯一汙染改善達標者。